Računalniške metode v sintezni biologiji

Sintezna biologija je novo znanstveno področje, ki se ukvarja z načrtovanjem in izdelavo novih, sintetičnih, bioloških sistemov. Številni uspehi področja so rodili aplikacije kot so na primer pametna zdravila, biološki sistemi kot obnovljivi viri energije in sistemi za zmanjševanje onesnaženosti kot tudi računalniške stukture, ki bodo lahko v bližnji prihodnosti predstavljale osnovne logične elemente bioloških računalnikov.

V okviru predmeta Računalniške metode v sintezni biologiji se bodo študenti poglobili v aktualne računalniške metode, ki se v zadnjem času uporabljajo na tem interdisciplinarnem področju. Računalniški pristopi so v tem kontekstu postali nepogrešljivi, saj na osnovi modeliranja bioloških sistemov omogočajo njihovo analizo, načrtovanje in verifikacijo pred samo biološko realizacijo. Prav tako se bodo študenti spoznali tako z naravnimi kot tudi s sintetičnimi biološkimi sistemi, ki omogočajo procesiranje informacij na podoben način kot to v današnjem času vršijo digitalni elektronski sistemi, ki sestavljajo sodobne računalnike.


Computational Approaches in Synthetic Biology

Synthetic biology is an emergent scientific field which aims the design and construction of novel, i.e. synthetic, biological systems. Several successful applications were reported recently such as intelligent therapeutics, renewable energy sources and systems for environmental pollution removal. Also, basic information processing structures were already realized, which will probably present the basic parts of biological computers in the near future.

The course will provide an outline of the state of the art computational approaches used in this interdisciplinary field. Computational approaches support the rapid progress of the filed while they allow us to thoroughly analyse the novel biological systems before its experimental (i.e. biological) realization. Moreover, we will introduce the biological systems which are able to process information in similar manners as digital electronic systems that comprise modern computers.